После этого вам нужно будет добавить в файл .htaccess, который находится в директории public_html основного домена, строки следующего вида.
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^subdomain.example.com$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/subdomain/ [NC]
RewriteRule (.*) /subdomain/$1 [L]
/subdomain/ заменяем на имя поддиректории, в которую мы будем заливать файлы поддомена, subdomain.example.com меняем на адрес поддомена.